うちは医療費控除で毎年確定申告をしています。 ふるさと納税の記事や予防接種の記事でも書いたとおりです。

その医療費控除に、「セルフメディケーション税制」という別の選択肢があります。 病院の医療費ではなく、ドラッグストアで買った市販薬の代金で控除を受ける制度です。⚠️ 医療費控除とどちらか一方しか使えず、後から変更できません。

調べて分かったのは、①どちらが得かは計算で決まる ②この制度は2026年12月31日までの支払いが対象で、その先は決まっていない、ということでした。今年の確定申告で選ぶ人は、この2つを知っておく必要があります。

先に答えを書きます

医療費控除 セルフメディケーション税制
対象 病院・薬局で払った医療費（家族分も） 対象の市販薬（スイッチOTC医薬品）の購入費（家族分も）
控除の計算 医療費 − 保険金 − 10万円（所得200万円未満は5%） 購入費 − 1万2,000円
上限 200万円 8万8,000円
条件 なし ⚠️ 申告者本人が「一定の取組」（健診・予防接種など）をしていること
両方は使えるか ⚠️ 選択制。片方だけ。後から変更不可 同左
期限 なし ⚠️ 2026年（令和8年）12月31日までの支払いが対象

医療費が10万円を超えない年でも、市販薬が1万2,000円を超えていればセルフメディケーションで控除できる、というのがこの制度の意味です。順に書きます。

医療費控除は「10万円を超えた分」です

国税庁のタックスアンサー No.1120によると、控除額はこうです。

（実際に支払った医療費の合計額 −（1）の金額）−（2）の金額
（1）保険金などで補てんされる金額
（2）10万円（注）その年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5パーセントの金額

上限は200万円。 家族の分（生計を一にする配偶者や親族）も合算できます。

⚠️ 10万円という線があるので、年間の医療費が10万円に届かない年は、医療費控除は使えません。 歯医者に何度か行った、家族が風邪をひいた、程度の年は、合算しても届かないことが多い。そこにセルフメディケーション税制が入ります。

セルフメディケーション税制は「1万2,000円を超えた分」です

No.1129によると、

セルフメディケーション税制による医療費控除額は、実際に支払った特定一般用医薬品等購入費の合計額（保険金などで補填される部分を除きます。）から**12,000円を差し引いた金額（最高88,000円）**です。

対象は「スイッチOTC医薬品」などで、ドラッグストアのレシートに「セルフメディケーション税制対象」の印が付いているものです。国税庁のページには「購入の際の領収書等にセルフメディケーション税制の対象商品である旨が表示されています」とあります。

条件が1つあります。

セルフメディケーション税制の適用を受けようとする年分に健康の保持増進および疾病の予防への取組として「一定の取組」を行っている居住者が対象となります。
1 保険者が実施する健康診査 2 市区町村の健康診査 3 予防接種＜定期予防接種、インフルエンザワクチンの予防接種＞ 4 勤務先で実施する定期健康診断 5 特定健康診査、特定保健指導 6 市区町村のがん検診

🚩 会社の定期健康診断を受けている社員、インフルエンザの予防接種を受けた人は、この条件を満たしています。 社長は健診の義務がないと書きましたが、協会けんぽの健診を受ければ1番に当たります。 ⚠️ 国税庁のページには「申告される方が『一定の取組』を行っている必要があります（生計を一にする配偶者その他の親族の方が行っている必要はありません）」とあり、条件を満たすのは申告する本人だけでいい、家族の分の市販薬も合算できます。

どちらが得かは、計算で決まります

両方使えるときは、控除額の大きいほうを選びます。 概算の例を並べます。

年間の医療費 年間の対象市販薬 医療費控除 セルフメディケーション 選ぶのは
8万円 3万円 0円（10万円未満） 1万8,000円 セルフメディケーション
13万円 5万円 3万円 3万8,000円 セルフメディケーション
13万円 2万円 3万円 8,000円 医療費控除
25万円 5万円 15万円 3万8,000円 医療費控除
5万円 1万円 0円 0円（1万2,000円未満） どちらも使えない

⚠️ 医療費が10万円を少し超えるくらいの年は、市販薬のほうが控除が大きいことがある、というのが見落としやすい点です。医療費13万円なら控除は3万円しかない。市販薬を5万円買っていれば3万8,000円。「医療費控除が使えるからそっち」と決めずに、両方計算する価値があります。

🚩 ただし、市販薬のレシートを1年分取っておかないと計算できません。 医療費控除は病院の領収書や医療費通知でまとめられますが、市販薬はレシートに対象の印があるものを1枚ずつ集めるしかない。**「どちらが得か」の前に、「市販薬のレシートを残しているか」**で選択肢が決まります。

⚠️ 選択は後から変えられません。 国税庁のページに「いずれかの適用を選択した後、更正の請求や修正申告によりこの選択を変更することはできません」とあります。申告前に両方計算する、が唯一の手順です。

2026年12月31日までの支払いが対象です

この制度には期限があります。 No.1122の注書きに、

平成29年1月1日から令和8年12月31日までの間に支払う特定一般用医薬品等購入費は（中略）セルフメディケーション税制の対象となります。

⚠️ 2026年（令和8年）12月31日までに払った分が対象で、2027年以降どうなるかは、執筆時点では決まっていません。 過去にも一度延長されているので、また延長される可能性はありますが、「来年も使える」と決めてかからないほうがいい制度です。今年の分は、今年のレシートで確実に使う。

経営者として気づいたこと

会社側でできることが1つあります。 セルフメディケーション税制の条件「一定の取組」の4番は**「勤務先で実施する定期健康診断」**です。社員が会社の健診を受けていれば、社員は全員この条件を満たします。 年末に「市販薬のレシートは1年分取っておくと控除になることがある」と一言伝えるだけで、社員の確定申告の選択肢が増えます。

⚠️ ただし、会社が社員の分の市販薬を買って渡すのは別の話です。 それは福利厚生費か給与かの問題になり、社員個人の控除にはなりません。控除はあくまで個人が自分で払った分です。

私が確認すること

⚠️ うちの医療費や薬の中身は書きません。 確認する順番だけ書きます。

  1. 今年の医療費が10万円を超えそうか——超えないなら、セルフメディケーションが唯一の選択肢
  2. 市販薬のレシートを残しているか——「セルフメディケーション税制対象」の印があるものだけ数える
  3. 本人が「一定の取組」をしているか——健診か予防接種。証明の書類（結果通知や領収書）を残す
  4. 両方計算して、大きいほうを選ぶ——後から変えられない
  5. 2026年12月31日までの分は今年で使い切る——来年の扱いは未定

⚠️ 2番が肝です。 レシートがなければ、計算そのものができません。12月に気づいても、1〜11月のレシートは戻ってこない。

まとめ

  • 医療費控除は「医療費 − 10万円」、セルフメディケーション税制は「対象の市販薬 − 1万2,000円（上限8万8,000円）」
  • ⚠️ 選択制で、後から変更できない。申告前に両方計算する
  • 医療費が10万円をわずかに超える年は、市販薬のほうが控除が大きいことがある
  • 🚩 条件の「一定の取組」は本人だけでいい。会社の定期健診・インフルエンザ予防接種で満たす
  • ⚠️ 2026年12月31日までの支払いが対象。2027年以降は未定
  • 市販薬のレシートを1年分残していなければ、選択肢はない

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この記事について

本記事は執筆時点（2026年9月）に国税庁が公表しているNo.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）、No.1122 医療費控除の対象となる医療費、No.1129 セルフメディケーション税制にもとづいて書いています。筆者は税理士ではありません。

⚠️ 控除額の比較例は概算で、保険金で補てんされる額、総所得金額、対象医薬品の範囲によって結果は変わります。 セルフメディケーション税制の適用期限の延長の有無は、執筆時点では決まっていません。

確定申告での選択については、必ず顧問税理士または所轄の税務署にご確認ください。 本記事は一般的な情報提供であり、個別の判断を示すものではありません。